Ο Δρ. Παναγιώτης Μαρκαντωνάτος, από το 1990 έως σήμερα δραστηριοποιείται ως ελεύθερος επαγγελματίας Μελετητής- Υδραυλικών Έργων και Περιβαλλοντικών Μελετών, είτε ατομικά είτε σε συμπράξεις συνεργαζόμενων μελετητικών γραφείων ή παλαιότερα σε εταιρική μορφή με άλλους συναδέλφους (Μελετητική Περιβάλλοντος Ε.Π.Ε., Ν.Μπακάλης – Π.Μαρκαντωνάτος Ο.Ε., Π.Μαρκαντωνάτος – Ε.Παπαβασιλόπουλος Ο.Ε.).

Έχει συνολικά εκπονήσει πάνω από 300 Μελέτες για Φορείς του Δημοσίου, (E.E., Υπουργεία, Δήμους, Δημοτικές Επιχειρήσεις, Νομαρχίες, Περιφέρειες, Οργανισμούς, κλπ), καθώς και για Ιδιωτικούς Φορείς και ιδιώτες.

Το γραφείο του διαθέτει τα κάτωθι μελετητικά πτυχία:

- Μελετών Υδραυλικών Έργων  (13 Γ΄) και - Περιβαλλοντικών Μελετών    (27 Γ΄).

Ακόμα, από το 1990 είναι Επιστημονικός Συνεργάτης στο Τ.Ε.Ι. Αθήνας, Τμήμα Δημόσιας Υγιεινής, σε θέματα Έργων Περιβάλλοντος & Υγειονομικής Μηχανικής.